À la suite de la défaite lors de la Seconde Guerre mondiale, le Japon est occupé par les Américains. Des trafics s'organisent alors avec les dizaines de milliers de soldats de la force d'occupation, notamment en drogues. Les yakuzas s'occupent de la prostitution, devenue illégale. Ils profitent également du chaos généralisé pour s'approprier des terrains en toute illégalité, dans les villes où les plans cadastraux ont brûlé. En parallèle, les Coréens et les Taïwanais, utilisés comme main d'œuvre durant la guerre sur le territoire du Japon, retrouvent la liberté. Les mafias de leurs pays d'origine tentent donc de s'installer au Japon, et de prendre le contrôle du fructueux marché noir. On appela ces nouveaux arrivants les Daisangokujin. Ils agrandirent rapidement leur territoire, car les forces de police avaient été affaiblies à la suite d'une purge effectuée par les forces d'occupation.
Cette situation fut un tremplin décisif pour l'organisation yakuza. Avec l'assentiment du pouvoir, elle fut utilisée afin de lutter contre ces mafias, et également comme briseuse de grève. Elle a aussi profité du fleurissement du marché noir dans un Japon ravagé par la guerre et privé de tout. Le pouvoir des yakuzas va donc se faire double : d'un côté ils bénéficient dans l'ombre de l'appui des hommes politiques et de la police, et sont en plus nécessaires à la société d'après-guerre, le marché noir restant le seul moyen de survie pour la majorité des Japonais. L'organisation criminelle japonaise devient donc un des piliers du Japon, avec l'assentiment des forces d'occupation, qui voyaient en elle une « force régulatrice ».
L'après-guerre voit également l'apparition d'une nouvelle criminalité, en parallèle de la pègre traditionnelle datant d'avant-guerre, et ayant encore une partie de ses traditions. Naissant en pleine crise sociale, le groupe des Gurentai (愚連隊?) est constitué de membres plus jeunes, plus violents ; c'est une criminalité moins organisée. Ils avaient pour spécialités le trafic d'amphétamines et la prostitution, ou la pornographie. Ce groupe est progressivement absorbé par des gangs plus importants, pour finalement former les grandes familles qui sont encore aujourd'hui en place, comme les Yamaguchi-gumi, ou les Inagawa-kai. Entre 1958 et 1963, les yakuzas accroissent leurs effectifs de 150 % pour atteindre à leur apogée, un total d'environ 184 000 yakuzas, répartis dans 126 gangs. L'organisation compte alors plus de membres que l'armée japonaise elle-même. Des clans se forment et des guerres éclatent pour le partage de territoires.
Parallèlement, les Américains voient d'un mauvais œil l'avancée de l'armée populaire menée par Mao Zedong en Chine. Pour préserver définitivement le Japon du communisme, ils libèrent certains détenus politiques, comme Yoshio Kodama, qui, grâce à leurs relations avec les yakuzas et les partis d'extrême-droite, vont leur permettre de s'en protéger. Kodama réussit à amener la paix entre les gangs. C'est le « Al Capone » japonais ; il souhaitait créer une alliance entre les différents gangs, tout en faisant le lien avec le milieu politique japonais, faisant de ce fait grandir l'influence de la pègre.
Cette situation perdurera jusqu'au début des années 1990, période du vote d'une loi décisive pour l'avenir de la pègre nippone.
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Yoshio Kodama (à gauche) rencontrant Ichirō Hatoyama, (à droite) et Bukichi Miki (en arrière-plan)
