Después de volver a las islas, nuestros tres protagonistas reciben una carta por parte del rey Mickey en la que dice que deben asistir a un instituto especial. Allí, aparte de reencontrarse con tanto amigos como enemigos, Sora y Kairi tendrán que encontrar una forma de confesar sus sentimientos el uno por el otro. Por otro lado, Riku hace lo posible por abandonar lo que siente por Kairi.
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