Channing Tatum

G.I. Joe - Die Abrechnung

Roadblock - Dwayne Johnson

Lady Jaye / Jaye Burnett - Adrianne Palicki

Conrad Hauser / Duke - Channing Tatum

Flint - D. J. Cotrona

Präsident / Zartans Präsidenten-Double - Jonathan Pryce

Storm Shadow - Lee Byung-hun

Snake Eyes - Ray Park

Jinx - Elodie Yung

Firefly - Ray Stevenson

General Joseph Colton - Bruce Willis

Zartan - Arnold Vosloo

Die Handlung knüpft unmittelbar an die Handlungsstränge aus Geheimauftrag Cobra an und setzt diese fort: Der Präsident der Vereinigten Staaten wurde gekidnappt und ist heimlich durch Zartan, ein Mitglied der Organisation „Cobra", ersetzt worden. Als vermeintlicher „Präsident" beschuldigt er die Elitetruppe G.I. Joes, Nuklearwaffen gestohlen zu haben und lässt durch einen Militärschlag einen Großteil des Teams töten. Bei diesem Attentat kommt auch Duke, der bisherige Kommandant, ums Leben. Während sich die überlebenden Mitglieder Roadblock, Lady Jaye und Flint in Richtung Hauptstadt durchschlagen, trainieren Snake Eyes und Storm Shadows Cousine Jinx beim Blind Master und bereiten sich auf einen Schlag gegen den Superkämpfer Storm Shadow vor, den vermeintlichen Mörder von Hard Master.

Es gelingt Zartan, den Cobra Commander zu befreien. Ein perfider Plan soll die Welt unterjochen und Cobra die absolute Macht über den Planeten verleihen. Geheime Satellitentechnik soll die Hauptstädte der Erde vernichten. Die verbliebenen G.I. Joes treffen sich mit General Joseph Colton, der sich aus dem Ruhestand zurückmeldet, nachdem die drei ihm den Beweis geliefert haben, dass der Präsident der Vereinigten Staaten ausgetauscht wurde. Snake Eyes und Jinx nehmen derweil Storm Shadow gefangen - doch es stellt sich heraus, dass Zartan der Mörder des Hard Masters war. So schließt sich Storm Shadow einmalig den Joes an, um den Tod des Meisters zu rächen.

Schließlich kommt es zu einem Showdown, in dessen Verlauf es Roadblock gelingt die Steuerungszentrale der Satellitenabwehr zu deaktivieren und letztendlich zu zerstören. Zartan wird von Storm Shadow im Zweikampf getötet. Der Cobra Commander kann fliehen und auch Storm Shadow verschwindet nach dem Gefecht. Die verbliebenen Joes werden vom echten Präsidenten wieder eingesetzt und feierlich als Helden geehrt.