Shirou después de derrotar a Gilgamesh el también sería absorbido por el agujero del Santo Grial lo cual lo llevaría a una línea de tiempo diferente donde el no existe, lo cual quiere decir que nunca sucedio la cuarta guerra por el Santo Grial donde en ese suceso perdio a sus padres y fue adoptado por Emiya Kiritsugo, por lo cual también no se llevo la quinta guerra del Santo Grial en la que el participo junto a Rin Tohsaka, así Shirou se prepara en una nueva guerra del Santo Grial llamado el "El Gran Grial" y podrá volver a su linea de tiempo original