El 12 de noviembre de 1934 en Cincinatti, Ohio. Su madre Kathleen Maddox, tenía 16 años, era alcohólica y no lo quería. Kathleen era la hija menor de Nancy y Charles Maddox, que la criaron con amor y bajo la influencia del fanatismo religioso. Un día escapa de su casa y se casa con William Manson (existen dudas si fue su verdadero padre o si sólo le dio el apellido).
Charles nunca vivió en una familia con amor, su madre frecuentemente abandonaba la casa y lo dejaba al cuidado de una tía o de su abuela. Tanto era el desapego que sentía por su hijo que, cierta vez, lo cambió en un bar por una jarra de cerveza a una mesera. Algunos días después, su tío lo fue a rescatar.
Kathleen en cierta ocasión fue acusada y sentenciada a la cárcel por robo, y su hijo Charles enviado a la casa de sus tíos en Virginia. Allí la vida no sería fácil, ya que la disciplina de la familia tenía fundamentos religiosos y era muy estricta, totalmente opuesta a las costumbres de Charles y su madre.
A la edad de 9 años es detenido por robo y es enviado al reformatorio. Visitaría este tipo instituciones en varias oportunidades, ya que estuvo a los 12 años en la Escuela para Niños Gibault en Terre Haute, Indiana, de donde se fuga para volver con su madre, que lo rechaza nuevamente.
Luego de vagabundear un tiempo, ingresa en la Ciudad de los Muchachos del padre Flanagan, y tarde es trasladado a la Escuela para Chicos de Indiana. En el año 1951 es detenido en Utah, junto su pareja homosexual, y son enviados a un reformatorio de Washington. En dicho lugar, al ser evaluado, manifiesta la necesidad de regenerarse y lograr que alguien se haga cargo, no puede conseguirlo, ya que es descubierto sodomizando a un compañero mientras lo amenazaba con una navaja en el cuello.
Después de este hecho fue trasladado al Reformatorio Federal de Petesburg y de allí al de Chilicothe en Ohio. En1954, con l9 años de edad logra salir en libertad condicional, y al año siguiente se casa y tiene un hijo que lleva su mismo nombre. Pero su vida no se había encarrilado: tiene trabajos miserables y además roba automóviles, motivo por el cual es nuevamente encarcelado por un periodo de tres años, en este lapso su esposa obtiene el divorcio.
Al salir en libertad condicional una vez más se transforma en proxeneta y es detenido nuevamente en 1959, pero es dejado en libertad gracias a que una de sus «chicas» aduce que espera un hijo de él. Vuelve a sus andanzas y comete una estafa, droga a su nueva compañera embarazada para poder violar a su amiga, y es acusado de violar la libertad condicional y es condenado a diez años de prisión. En este tiempo de encierro se convierte en el protegido del asesino Alvin reepy» Karpis, y en la búsqueda de un cambio comenzó a interesarse por todo tipo de creencias filosoficas, pero ninguna parecía satisfacerlo.
Era un fanático enfermizo de música, y especialmente de los Beatles, por eso contaba, a quien quisiera escucharlo, que él podría ser mejor que el grupo inglés. En 1967, en e1 mes de marzo, finalmente está en libertad. Con su guitarra, su cabello largo y sus sandalias llega a San Francisco, y rápidamente seduce a los hippies tardíos que aún deambulaban por la ciudad y eran diez años menores que él. De este modo, lograrla lo que siempre habla deseado: obtener sin esfuerzo lo que quisiera, mujeres, sexo, droga, alojamiento y comida. En 1968 sus seguidores, a quienes llamaba la familia, ocuparon un viejo autobús y emprendieron viaje.
Todos los que lo acompañaban tenían características parecidas: eran jóvenes, mujeres en su mayoría, perdidos por el LSD y las anfetaminas, que habían abandonado sus hogares, almas descarriadas que él podía manipular fácilmente.
En cierta ocasión conoce a Gary Hinman, quien le presenta a Dennis Wilson del grupo The Beach Boys, Manson pretendía obtener apoyo para su música pero no lo consigue. A través de Hinman conoce también a Terry Melcher, el hijo de Dorís Day y dueño de un rancho en Cielo Drive, Beverly Hills. Manson se entusiasma, creyendo que Melcher produciría su disco, pero no logra concitar interés deseado y esta situación lo derrumba. Instalado en el Valle de la Muerte logra que un granjero, a cambio de sexo con una de sus seguidoras, le preste el rancho para dormir y organizar sus reuniones.
