♢ STORY：
FF VI awalnya mengambil setting pada dunia yang tidak mempunyai nama. Sejalan bergulirnya cerita, geografi dunia tersebut berubah dan terbagi menjadi 2 kontinen besar yang disebut World of Balance. Tidak seperti FF sebelumnya yang mengambil tema klasik / medieval, pada FF VI memakai setting steampunk seperti pada abad ke-19, yang ditunjukkan adanya rel kereta api dan gua pertambangan pada awal game ini.
Cerita bermula 1000 tahun sebelum event pada FF VI terjadi. 3 dewa yang menjadi sumber dari semua magic yang ada di dunia ternyata sedang melakukan peperangan satu sama lain. Peperangan ini menimbulkan energi magic pada dunia yang apabila manusia disentuhnya akan berubah menjadi Esper. Para dewa lalu memanfaatkan Esper tersebut untuk peperangan mereka sendiri yang disebut War of the Magi. Mereka lalu sadar bahwa peperangan tersebut hanya membuat malu nama mereka sendiri. 3 dewa yang dikenal sebagai The Warring Triad merasa harus mengembalikan dunia menjadi sedia kala. Mereka lalu memberikan kembali hak hidup bebas pada para Esper dan mengubah diri mereka sendiri menjadi patung. Permintaan 3 dewa tersebut pada para Esper hanya satu: bahwa para Esper harus menyembunyikan kekuatan mereka agar tidak digunakan oleh pihak yang salah. Setelah perang selesai, terjadi perbedaan gaya hidup dan pemikiran antara manusia dan Esper. Para Esper yang tersisa lalu pindah menuju daerah terpencil, membawa patung dewa bersama mereka, dan menutup rapat-rapat pintu menuju dunia mereka...
Seiring berlalunya waktu, War of the Magi dianggap hanyalah legenda biasa dan manusia terus membangun komunitasnya dengan berdasarkan pada teknologi. Pada saat ini, teknologi paling hebat dimiliki oleh Empire, negara yang kejam dan diktaktor dipimpin oleh Emperor Gestahl beserta 3 jendral tertingginya; Kefka, Leo, dan Celes Chere. Kira-kira 18 tahun sebelum event pada FF VI terjadi, dinding pembatas antara dunia Esper dan dunia manusia melemah sehingga seorang manusia wanita tidak sengaja memasuki dunia Esper. Walaupun kebanyakan para Esper tidak mempercayai manusia wanita tersebut ada satu Esper bernama Maduin yang percaya kalau mereka sebaiknya mencoba terlebih dahulu sebelum menjatuhkan penilaian. Setelah tinggal di dunia Esper, manusia wanita tersebut mempunyai anak bernama Terra hasil pernikahannya dengan Maduin.
Digerakkan oleh nafsu ingin memperoleh kekuatan besar yang dipunyai oleh para Esper dan mengetahui dinding pembatas dunia Esper melemah, Emperor Gestahl melancarkan serangan pada dunia Esper. Tetua Esper lalu melepaskan magic yang mengembalikan Emperor Gestahl ke dunia manusia dan juga menutup gerbang pada dunia Esper. Sayangnya banyak Esper telah tertangkap oleh Gestahl termasuk Maduin dan Terra yang masih bayi, sedangkan ibu Terra sendiri meninggal karena serangan tersebut...
Dari sinilah event pada FF VI dimulai ketika Emperor Gestahl mengadakan percobaan yang menggabungkan Magic dengan mesin dan menghasilkan Magitek Armor. Kefka sendiri ikut menjadi percobaan dan kejiwaannya terganggu. Setelah Terra cukup dewasa, Empire menghasilkan alat yang bisa mengontrol pikiran dan dinamakan Slave Crown. Anda awalnya akan mengendalikan Terra yang menjadi bawahan Empire dan berniat membuka kembali gerbang menuju dunia Esper, lalu mendapat perlawanan dari pihak pemberontak bernama Returners. So the journey begins...
♢ Other Story：
Dulu kala terjadi peperangan antara 3 dewi yakni Doom, Poltergeist dan Goddess. Medan energi ketiganya mengubah manusia yang terjebak di antara mereka menjadi makhluk magis yang disebut esper. Esper tersebut dijadikan sebagai pion dalam peperangan. pertempuran dasyat tersebut membuka perang yang disebut War of Magi. Di akhir perang, ketiga dewi menyegel diri mereka dalam patung yang disebut patung Goddesses. para esper yang telah diberi kebebasan membuat dunia mereka sendiri dan mengungsi ke sana untuk menghindari perburuan oleh manusia. Sementara para penyihir yang dikenal sebagai Magi Knight mengungsi ke Thamasa untuk menghindari pertikaian dengan manusia lain.
Seribu tahun kemudian, dunia telah berubah. Mesin uap, mesin dan mesiu telah menggantikan peran magic. Namun Empire berhasil menemukan teknologi untuk mengekstrak magic dari esper dan menginjeksikannya pada manusia. Dengan kemampuan tersebut Empire yang dipimpin Emperor Gestahl dan tangan kanannya Kefka mulai memperluas kekuasaan dan menaklukkan wilayah lain. Mereka mendapat perlawanan dari kelompok Returners.
