2003年、デジタルワールドは前例のない危機に見舞われた。それは「プロジェクト・アーク」の指示による、望ましくないとされたデジモンの大量絶滅につながった。以降「旧デジタルワールド」と呼ばれるようになったこの世界は、生命に適さない死の王国へと変わり、ダークエリアの深淵に封印された。しかし16年後、考えられないことが起こった。その忘れ去られた荒れ地から未知の信号が検出されたのだ。これにより、デジタルワールドの管理者はロイヤルナイツにその場所への調査を命じたが、これが前回以上のさらに大きな危機の始まりとなるとは知らずに...