Si en la fase 1, Godzilla: King of the Monsters y Godzilla vs Kong fueron las consideradas películas eventos. En esta fase esta película, junto con Godzilla vs Megalón vs Gigan podrían considerarse las películas evento que definen esta saga. En esta película, que sería una adaptación de la película de 1992, Godzilla vs Mothra: Battle for Earth, pero quitando a Godzilla de la ecuación. Mothra se enfrenta a su gran enemigo Battra, además de que la trama iniciada en la película individual de Rodan concluye aquí, siendo un team-up entre Mothra y Rodan.
Sinopsis: El bien y el mal en su máxima pureza llegan a una confrontación definitiva en la forma de Mothra, la titan que personifica la paz y el orden, contra Battra la encarnación del caos. Ninguno de ellos podrá vivir mientras el otro siga con vida. Sin embargo, dos jugadores nuevos se unirán a esta confrontación, transformando esta confrotación en una guerra con todas las letras.
Conexiones y Revelaciones: -En la actualidad, un enorme meteoro se estrella en el Estrecho de Corea, lo que provoca que Rodan despierte de su hibernación en el Monte Aso. El impacto se siente también en el Templo de la Polilla, en Yunnan, haciendo que Mothra sienta que algo malo va a ocurrir y salga volando. Un terremoto provocado por el impacto hace que una de las paredes del templo se derrumbe, rebelando una nueva sala.
-En Akgor Wat, Camboya un arqueólogo llamado Thadeus Moss está dirigiendo un expedición para encontrar reliquias arqueológicas. Thadeus termina la expedición con éxito, pero la expedición choca contra las autoridades camboyanas por incumplir inadvertidamente con varios permisos burocráticos. Thadeus es detenido.
-Thadeus es liberado de prisión, gracias a que una empresa llamada Phrometheus Inc, para que les ayude a desarrollar una expedición arqueológica al Templo de la Polilla en Yunnam, con respaldo de Monarch para intentar profundizar los secretos que el templo oculta. Saben que Mothra está despierta gracias a las imágenes por satélite .
- En la sede de Monarch en Washington DC, el director de Prometheus Daniel Hawthorne informa a la organización de la expedición, pero a los directores de Monarch le preocupan más los desastres naturales que el meteorito ha provocado, así como han avistado a Megaguirus en Sinkiang, China.
-La expedición parte de Camboya hacia el Templo de la Polilla. La expedición entra en la sala oculta revelada por el terremoto. Dentro de la sala, ven varias pinturas antiguas, una de las cuales muestra dos enormes polillas enzarzadas en batalla. Según las pinturas, en la época en que los titanes dominaban la Tierra, Mothra era la encarnación del Orden y la Paz en la Tierra. Cuando los científicos de la Atlántida desarrollaron un dispositivo de control del clima, esto afectó a Mothra, cuya energía negativa, creó un Mothra negativo: Battra, que no solo destruyó el dispositivo, sino que declaró la guerra a los atlantes, creyendo que era una amenaza para la Tierra. Mothra luchó contra Battra y lo derrotó, lo selló en la Fosa de las Marianas y luego se retiró al Templo de la Polilla para descansar.
-Uno de los científicos de Prometheus cree que quiza el meteorito despierte a Battra, quien sin duda reanudará su campaña contra la raza humana.
-La forma larvaria de Battra aparece frente a la costa Oeste de EEUU, acercándose rápidamente al continente. El ejercito intenta detener a Battra, pero este toca tierra, destruyendo la ciudad de Seattle, para luego volver al mar.
-De repente Megaguirus llega al Templo de la Polilla. Su instinto le dice que allí habita otra criatura con la capacidad de detenerle, como Rodan. En ese momento llega Mothra y entabla una batalla contra Megaguirus. Este intenta clavar su aguijon en Mothra, aunque la titán vuela detrás suya y logra embestirlo. Mientras Mothra y Megaguirus luchan, Battra se acerca al área. Battra derrota a Mothra y luego ataca a Megaguirus. Los dos monstruos llevan su lucha hasta la costa, mientras Mothra recupera fuerzas en su templo.
-Mientras Megaguirus y Battra luchan en el Pacífico, la falla entre las placas filipinas y euroasiáticas se abre, expulsando magma al agua. Este fenómeno hace que un monstruo marino denominado Manda salga huyendo de la zona. (Cameo).
-Megaguirus y Battra salen volando de la zona para que el magma no les alcancé, en particular Megaguirus que guarda malos recuerdos de su enfrentamiento contra Rodan.
-Mothra, sintiendo que Battra puede volver, sale volando hacia Hong Kong. Los hombres de Monarch siguen la trayectoria de Mothra. En esos momentos a la ciudad, llegan Battra y Megaguirus quienes se han aliado para poder destruir la humanidad.
-En ese momento, en Japón, el Monte Aso entra en erupción, y Rodan emerge de su cráter, volando hacia Hong Kong, ya que siente la presencia de su enemigo Megaguirus. Monarch intenta parar a Megaguirus, pero este se deshace sin esfuerzos de los humanos.
-Mientras tanto, Battra aparece en el océano, y se transforma en su etapa adulta, pudiendo pelear en igualdad de condiciones contra Mothra. Rodan llega a Hong Kong y se enfrenta a Megaguirus. Mothra vuela sobre la zona de Macao y es atacado por Battra . Battra golpea las alas de Mothra con sus rayos de prisma, y ella se estrella contra el suelo.
-Rodan, a diferencia de su película individual, es mucho más fuerte, ya que ha podido descansar en un volcán y ha podido recargar energía. Al ser más fuerte logra matar a Megaguirus.
-Antes de que Battra pueda terminar con Mothra, Rodan llega, con la intención de eliminar a Battra. Rodan se enfrenta a Battra, aunque esta última empieza a ganar ventaja frente al titán volcánico. Mientras Battra vuela sobre sus cabezas, Rodan se recupera y embiste contra él, lanzándolo al suelo. Mothra se suma a la pelea y ambos titanes pelean contra Battra.
-Al final, los dos titanes tras una dura pelea, vencen a Battra, acabando con él y arrojándolo al mar. Para evitar que resucite, Mothra emplea su magia y sella el lugar.
-La película acaba con Rodan volviendo al Monte Aso a decansar y con Mothra viajando al espacio, pues ha sentido la llegada de un meteorito que se acerca a la Tierra y debe detenerlo.
Escena Post-Créditos: En la Gran Mancha de Basura del Pacífico, flota el cadáver de Megaguirus. De su cuerpo empiezan a salir una especie de esporas, que caen al agua contaminada. Las esporas, que no son más que larvas de Meganula empiezan a crecer, pero los nieles de contaminación son tan altos hacen que muten y se fusionen en un ser con el cuerpo viscoso y lleno de basura. Ha nacido Hedorah.
