La última película de la fase 2, sería un remake de la película Godzilla vs Hedorah, en el que le se le ha dado un origen diferente a Hedorah, como se ha visto en la escena post-créditos de Mothra: Battle for Earth. Se podría decir que Megaguirus ha sido el gran villano de esta fase ya que hemos visto su llegada en la película de Rodan, para volver en la película Mothra: Battle for Earth, donde muere solo para que sus larvas muten en el villano de esta película Hedorah. Basicamente, aunque sean en películas distintas y con diferentes formas en algunos casos, Megaguirus se ha enfrentado a los tres principales titanes defensores de la tierra: Rodan, Mothra y Godzilla.
Sinopsis: Godzilla vueve a la acción, esta vez enfrentándose contra Hedorah, un monstruo nacido de larvas mutadas por la contaminación. Solo el rey de los monstruos podrá evitar que esta nueva amenaza acabe con la vida en la tierra.
Conexiones y revelaciones: -La película comienza con la escena post-creditos de Mothra: Battle of Earth, que muestra el nacimiento de Hedorah a partir de la mutación de las larvas que Megaguirus deposita tras su muerte.
-La película pasa ahora a Honolulú, Hawaii, donde vemos al protagonista, un biólogo marino. Un pescador llega a su casa con un gran pez de color de color negro. El biólogo ve que esa criatura no es algo que haya visto antes. El biólogo, llamado David le pregunta al pescador dónde lo atrapó el pescador, y él dijo que estaba en una cala donde solía pescar.
-Mientras David come con su familia, llega un informe de noticias sobre una gran criatura, similar a los peces que encontraron, atacando dos barcos y destruyéndolos. Una teoría expuesta fue es que era un arma militar, o puede que la aparición de un nuevo titán. Una foto clara de la criatura aparece en la pantalla. David vé que es similar que el pez que el hombre trajo antes.
-Davi y el pescador viajan a la cala donde el pez fue capturado. David se zambulle en el agua pero solo encuentra basura en el fondo. Es entonces cuando la criatura lo ataca, disparándole ácido. El pescador lo lleva al médico a curarle las quemaduras.
-Monarch contacta con el biólogo. Los científicos de Monarch discuten sobre las dos criaturas (ya que la que atacó a Ken y al Dr. Yano era mucho más pequeña que la que atacó los barcos), David se refiere a ellas como "Hedorahs" (de la palabra japones hedoro). Los científicos de Monarch discuten cómo se formaron los Hedorahs en el agua contaminada. Otro informe de noticias indica que tres petroleros fueron derribados por el Hedorah grande. Se muestra una cruda imagén de Hedorah que bebe aceite de los petroleros entre cientos de peces muertos. En el fondo, el humo brota de varias chimeneas.
-Mientras tanto, en el Ártico, Godzilla está peleando contra Kamoebas, una tortuga que ha sido transformada en titán, tras ser expuesto a una entidad espacial producto de la destrucción por parte de Mothra del meteorito que se dirigía a la Tierra en Mothra: Battle for Earth. La pelea entre Godzilla y Kamoebas es monitoreada por Monarch. Al final Godzilla mata a Kamoebas y la entidad espacial que la poseía es destruída.
-Hedorah aparece en una fábrica petrolífera china y comienza a alimentarse de la contaminación que produce. Godzilla nada hasta allí sintiendo la amenaza y ataca a Hedorah, solo para descubrir que el monstruo es inmune a su aliento atómico. Hedorah luego se retira al océano con Godzilla siguiéndole.
-Hedorah pasa a su forma voladora y ataca Honolulú. Mientras tanto, Dsvid estudia la sangre de Hedorah para encontrar células de Megaguirus y azufre prcedente de su mutación. Se da cuenta de que Hedorah solo puede ser derrotado por altas temperaturas (ya que la criatura de la que había mutado, tiene también esa debilidad, como demostró su pelea contra Rodan), y mata a la pequeña Hedorah que él había encerrado en su laboratorio electrocutándolo. Monarch es notificado de esta debilidad, y procede a construir una máquina para matar a Hedorah .
-David se dirige al Mauna Loa, donde Hedorah ataca. Godzilla ataca a Hedorah, pero esta cambia a su forma final. Hedorah derrota a Godzilla, y los soldados de Monarch comienzan a lanzarle fuego. Hedorah está a punto de matarlos, pero Godzilla interviene. Godzilla lucha valientemente, pero una vez más es derrotada por Hedorah. Monarch utiliza una arma de calor que había diseñado contra Hedorah y lo ataca. El arma afecta a Hedorah. Godzilla aprovecha que está debil y lo arroja al interior del Mauna Loa, donde la lava del volcán lo destruye definitivamente.
Escena Post-Créditos: Una nave espacial perteneciente al ejercito nebulano está observando como Godzilla ha vencido a Hedorah. En sus monitores también hay imágenes de otras batallas como la de Kong contra Titanosaurus, Mothra contra Battra o la de Rodan contra Megaguirus. Uno de los nebulanos dice:-En todos los planetas que hemos visitado, nunca antes hemos visto algo semejante. Estos monstruos...estos titanes. Enviamos a Gigan y sufrió una derrota humillante y eso que teníamos aliados-. El líder de los nebulanos dice:-Lo mejoraremos...pero también ha llegado el momento de crear nuestros propios titanes-. El líder de los nebulanos dirige su mirada a un monitor con la imagen de Godzilla y sonríe.
