El Doctor Eggman estaba cansado de ver que todos sus planes se iban a pique por culpa de Sonic y sus amigos. Entonces, el científico tuvo una idea e, inspirado por su abuelo, el Doctor Eggman decidió crear su propio proyecto secreto que tendría como objetivo derrotar a Sonic y a cualquiera que se interpusiera en su camino. Pero su nueva creación comienza a preguntarse por qué y para qué existe y si quería o no ser un villano como su creador y padre. Decidido a descubrir quién es, emprende nuevas aventuras tratando de descubrir quién debería ser. ¿Sonic y la pandilla obtendrán otro aliado? ¿O el equipo de villanos tendrá un nuevo miembro poderoso? Y así comenzará una nueva historia cósmica y fenomenal.