Nel 1972, uno studente molto popolare di nome Misaki muore accidentalmente durante l'anno scolastico. Gli studenti della classe a cui appartiene, la 3-C della Yomiyama Nord, rimangono sconvolti per la perdita: decidono quindi di continuare a fingere che sia ancora vivo. Agli studenti si uniscono anche i professori e il preside, arrivando a tenere un banco libero per lui e riservandogli il posto il giorno del diploma. Dall'anno seguente iniziano a morire in circostanze misteriose, alcuni studenti, e relativi parenti, della classe 3-3.
Nella primavera del 1998 un ragazzo di 15 anni, Kouichi Sakakibara, si trasferisce da Tokyo a Yomiyama per stare con i nonni mentre suo padre lavora in India. Si trasferisce proprio nella classe 3-3, ma perde le prime settimane a causa di uno pneumotorace. Mentre è in ospedale, oltre a ricevere la visita dei suoi compagni di classe, che lo trattano in modo strano, incontra una misteriosa ragazza: Misaki Mei, anch'essa frequentante la classe 3-3.
Una volta dimesso, il ragazzo comincia la scuola e si accorge di essere nella stessa classe di Misaki. Però quest'ultima non è presa in considerazione dai compagni, quasi come se solo lui potesse vederla. Inoltre, ogni volta che domanda ai compagni informazioni riguardo Misaki, tutti rispondono di non sapere chi sia. Sakakibara inizia così ad indagare, sapendo però di non ricevere alcuna risposta dai suoi compagni, decide di avvicinarsi a Misaki.
