La storia di Proteggi la mia terra ruota intorno alla studentessa Arisu Sakaguchi, un bambino di sette anni Rin Kobayashi, e altri cinque studenti che hanno frequentemente dei sogni collettivi relativi ad un gruppo di scienziati alieni di stazione sulla Luna, che osservano e raccolgono dati relativamente alla Terra.
All'inizio della storia, Arisu apprende che i suoi compagni di classe Jinpachi ed Issei hanno quei sogni ricorrenti sin dalle scuole medie, ma è soltanto quando quei sogni iniziano a venire anche a lei, che Arisu cerca di scoprire cosa stia succedendo. I tre ragazzi si rendono conto che ogni volta i loro sogni sono vissuti dal punto di vista di uno dei sette scienziati della base lunare, che è di volta in volta sempre lo stesso per ognuno dei ragazzi, e decidono di trovare le altre quattro persone che probabilmente hanno gli stessi sogni.
Quasi come se si trattassi di un gioco, Arisu, Jinpachi ed Issei si mettono alla ricerca delle quattro persone che hanno in comune con loro lo stesso sogno, nella speranza di dare un senso all'intera vicenda. Dopo un suggerimento da parte di Issei ed un po' di pazienza e fortuna, i tre ragazzi riescono a mettersi in contatto con le altre quattro persone che si rivelano essere tre adolescenti ed un bambino (poiché reincarnatosi di nuovo successivamente alla morte del primo reincarnato). Insieme i sette giovani iniziano a ricostruire sulla base dei rispettivi sogni l'intera vicenda e realizzano che non si tratta di semplici sogni, ma di ricordi delle loro passate reincarnazioni di scienziati sulla Luna. Tuttavia man mano che il passato viene svelato, iniziano a riaffiorare fra i sette ragazzi le stesse rivalità, gli stessi sentimenti e le stesse gelosie dei sette scienziati, che tanti anni prima portarono alla loro tragica fine.
