Hiyori Iki era una normale studentessa di scuola media, almeno fino a quando viene investita da un autobus mentre cercava di salvare la vita di una persona poco prima incrociata per strada di nome Yato. Questo incidente la costringerà ad iniziare una vita non poco bizzarra. Dopo aver conosciuto Yato, il quale le rivela di essere un Dio, scopre che il suo corpo, dopo l'incidente, inizia ad addormentarsi di colpo, e di conseguenza la sua anima subirà una sorta di separazione temporanea. Incapace di risolvere da sola il problema, chiede aiuto a Yato, il quale promette di aiutarla in cambio di 5 yen. Yato, a sua volta, è alla ricerca di uno Strumento Divino, del quale ogni Dio non può fare a meno di avere.
