In un mondo futuristico, durante la Grande Era dei Detective, alcune persone prescelte nascono con abilità speciali note come Toys. Molti, però, le usano per compiere crimini, dei quali si occupano i detective muniti di Toys. Nel distretto di Yokohama, Opera Kobayashi gestisce un ufficio investigativo, il Milky Holmes, nel quale sono impiegate quattro giovani detective che frequentano la Holmes Detective Academy e possiedono un proprio Toy.
Nell'anime, le quattro ragazze, Sherlock, Nero, Hercule e Cordelia, perdono i propri poteri dopo l'incontro con dei ladri: devono quindi impegnarsi a ritrovarli per non essere espulse dalla Holmes Detective Academy. La terza stagione, ambientata due anni dopo, vede l'aggiunta di due nuovi personaggi, le dodicenni Kazumi e Alice.
