La vicenda è ambientata in un mondo in cui l'umanità ha perso il controllo dei mari su cui ora domina la fantomatica "flotta del mare profondo". Le uniche in grado di fronteggiare il nemico sono alcune ragazze in possesso dello spirito delle gloriose navi da guerra del passato, le Kan-musume (Ragazze-navi da guerra). Queste ragazze, provenienti da vari paesi, sono raccolte e addestrate nell'accademia presso la base di Chinjufu. Qui, un giorno, arriva una Kan-musume di classe speciale "cacciatorpediniere" chiamata Fubuki.
