Setelah memasuki usia dewasa, Ruqayyah dinikahkan Nabi SAW dengan Utsman bin Affan. Mereka berdua sempat hijrah ke Habasyah, dan kemudian mereka berdua hijrah lagi ke Madinah, setelah ada perintah Nabi SAW untuk melaksanakannya. Ketika terjadi perang Badar, Ruqayyah sedang sakit keras, sehingga Utsman diminta Nabi SAW tinggal di Madinah menunggui istrinya. Saat kabar kemenangan kaum muslimin di perang Badar sampai di Madinah, Utsman sedang memakamkan jenazah istrinya.
Dari pernikahannya ini, Ruqayyah mempunyai seorang anak benama Abdullah bin Utsman, ia lahir ketika mereka masih berhijrah di Habasyah. Abdullah meninggal ketika masih berusia 6 tahun, riwayat lain menyebutkan, ia meninggal satu tahun sebelum kewafatan ibunya.
